Para poder acceder a modificar archivos o instalar aplicaciones en el iPhone, pueden usar iBrick o acceder mediante SSH, teniendo el control total sobre los archivos y carpetas del iPhone.

Para ello necesitaremos:

iPhone
WinSCP (prorama gratuito, puedes bajarlo via google)
installer.app dentro del iPhone 
Conexión Wifi

Primero deberemos instalar installer.app en el iPhone. (para esto solo basta con acceder a la pagna http://www.esferaiphone.com/jbreak via Wi-fi y seleccionar la opcion de instalar Appinstaler....)

Una vez tengamos instalado el programa installer.app deberemos ejecutarlo desde el iPhone, y instalar las siguientes aplicaciones:

Community Sources
BSD Subsystem
OpenSSH

Una vez instaladas abrimos el WinSCP y veremos una pantalla así:

Rellenamos de la siguiente manera:

IP: La IP de nuestro iPhone. Para saberla, desde el iPhone, accedemos al menú de settings/Wi-Fi y presionamos la flecha azul de al lado de la conexión que usemos, y nos saldrá la IP.
Usuario: root
Contraseña: dottie (1.0.2) o alpine (1.1.1)
Protocolo: SCP

Una vez rellenado presionamos ?Conectar?.

Si da algún error de conexión porque ha expirado la sesión o algo así volvemos a reintentarlo,

Ahora estamos dentro del iPhone, y podremos navegar a nuestro antojo, creando carpetas, eliminando archivos, modificándolos, etc.

OJO, si vas a hacer alguna modificacion o eliminacion te recomiendo que hagas copias de seguridad de tus archivos fuentes del iPhone....